5月 23, 2022 / 最終更新日時 : 5月 23, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング PyTorch Geometricを使ってVariational Graph Auto-Encodersを作って学習してみる はじめに 最近読んだ論文にVariational Graph Auto-Encoders (VGAE) を使ったモデルがあったので、自分でもやってみようと思い、作ってみました。本日はそのまとめになります。 本日紹介する使 […]
5月 7, 2022 / 最終更新日時 : 5月 7, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング UniProtのWeb APIを使ってほしい遺伝子のタンパク質配列を取ってくる はじめに UniProtで検索した配列がほしくなることが度々あるのですが、数が多いとブラウザで検索して配列をコピペするというのが面倒になってきます。このため、UniProtのWeb APIを使ってまとめて取ってくる方法を […]
5月 6, 2022 / 最終更新日時 : 5月 6, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング ReactomeからPathwayの階層構造とPathwayに関連するGeneのデータを取得する はじめに だいぶ前ですが以下の論文を読み、ReactomeからどのようにしてPathwayデータを取得するのか？というのが気になっていました。 Elmarakeby, H.A., Hwang, J., Arafeh, R […]
